Bosque de ribera

El bosque de ribera o bosque de galería ocupa el fondo del cañón, excepto en el tramo cubierto por las aguas del embalse de Burgomillodo.
Las diferentes especies que ocupan esta zona, se distribuyen en función de sus requerimientos de agua, más o menos lejos del cauce fluvial. Así, la primera franja está ocupada por Sauces (Salix sp.) y Alisos (Alnus glutinosa), junto con especies no arbóreas como Juncos, Eneas, Carrizos y Espadañas. Un poco más alejados de la orilla, se encuentran los Olmos (Ulmus minor), Fresnos (Fraxinus ssp), Álamos (Populus alba) y Chopos (Populus nigra), esta última especie también representada con variedades alóctonas tradicionalmente cultivadas para la obtención de madera.

Otras especies arbóreas que podemos encontrar salpicadas por el fondo del cañón son el Arce (Acer platanoides),  Arce de Montpelier(Acer monspessulanum), frutales asilvestrados como Nogales (Junglans nigra), Almendros (Prunus dulcis), Cerezos (Prunus avium) y Avellanos (Coryllus avellana), especies arbustivas como Zarzamoras (Rubus ulmifolius), Rosales silvestres (Rosa canina), Saúcos (Sambucus nigra), Endrinos (Prunus spinosa) y Majuelos (Crataegus monogyna).
En algunos tramos de río se puede encontrar el bosque aluvial denominado Alnion glutinoso-incanae, hábitat prioritario según la Directiva Hábitats (92/43/CEE). Es un bosque de ribera muy afectado por la acción humana, actualmente en proceso de recuperación.

El fondo del cañón es sin duda la zona del Parque con mayor diversidad faunística, debido a su abundante vegetación y a la presencia del curso fluvial. Las diversas especies de aves que pueblan esta zona, recogen su alimento de diferentes estratos vegetales, aprovechando sus adaptaciones morfológicas y evitando la competencia entre ellas. De esta manera, el Mirlo, Pinzón Vulgar, Ruiseñor común o Petirrojo se alimentan en el suelo, diversas especies de Currucas, Herrerillo común o Carbonero Común lo hacen en matorrales y follaje arbóreo, Mitos u Oropéndolas en las copas,  Pito real, Agateador Común o Trepador azul comen los insectos que viven en los troncos y el Mirlo Acuático captura invertebrados acuáticos mientras está sumergido. En el invierno pueden verse en las aguas del embalse Ánades reales, Cercetas Comunes, Cormoranes Grandes y Garzas Reales.

Cabe destacar la presencia de la Nutria (Lutra lutra), especie cuyo hábitat está amenazado, que compite con otros mustélidos como el Visón americano (Mustela vison), cuyas poblaciones alóctonas  proceden de granjas peleteras.

Entre los peces, son muy abundantes los Barbos y las Carpas (especialmente en el embalse) y las  Bermejuelas. Los anfibios más representativos son la Rana Común (Rana perezi), el  Sapo Común (Bufo bufo), Sapo Partero (Alytes obstetricans) y Sapo Corredor (Bufo calamita). Alguna de las especies más frecuentes de reptiles son la Culebra Viperina (Natrix maura) que vive próxima al agua, la Culebra de Escalera (Rhinechis scalaris) o la Lagartija Colilarga (Psammodromus algirus).