Los trabajos de concentración parcelaria realizados en la década de los años 70 conllevaron la desaparición de la práctica totalidad del escaso arbolado presente hasta entonces en la zona, y provocaron una reducción muy notable de la vegetación arbustiva asociada a los linderos y otras áreas hasta entonces no cultivadas. Este factor, conjugado con la amplitud de la superficie dedicada al cultivo de cereal desde tiempos pretéritos, ha motivado que la vegetación natural de porte arbóreo y arbustivo sea muy escasa actualmente en la ZEPA.
En las riberas de los cursos de agua y en la periferia de los pueblos se localizan algunas pequeñas alamedas, donde vegetan principalmente álamos blancos (Populus alba) y chopos del país (Populus nigra); el negrillo (Ulmus minor) frecuente hasta tiempos recientes, ha desaparecido prácticamente en la actualidad, debido a la misma enfermedad que lo ha llevado al umbral de la extinción en el resto de la Península Ibérica.
Fitosociológicamente, la Reserva se ubica en el dominio de la encina (Quercus ilex), dentro del territorio correspondiente a las series Genisto hystrici-Querceto rotundifoliae sigmetum y Junipero thuriferae-Querceto rotundifoliae sigmetum (RIVAS-MARTÍNEZ, 1985). La encina, muy escasa en la actualidad en el interior de la ZEPA, es todavía abundante en algunas áreas aledañas a la misma.
vegetación de las lagunas
La vegetación arbustiva está limitada a la presencia esporádica de algunas especies de amplia distribución, entre las que cabe citar el rosal silvestre (Rosa canina), la zarza común (Robus sp.), la retama de olor (Sparcium junceum), la retama blanca (Retama sphaerocarpa) y la vid (Vitix vinicola).
Las lagunas poseen un tipo de vegetación especialmente adaptado a los ciclos de inundación-desecación y a la elevada salinidad del suelo. Las especies más representativas de las lagunas son Scirpus maritimus y S. littoralis (castañuela) en las zonas inundadas, y Aeluropus littoralis en los bordes de las láminas de agua.
