La zona fue declarada Reserva Nacional de Caza en 1986 por la Junta de Castilla y León (Ley 1/1986). Esta figura, única que por aquel entonces permitía abordar desde la Administración problemas como el pago de los daños agrícolas causados por la fauna silvestre o el refuerzo de la guardería existente, significó un hito muy importante en la conservación de los valores naturales de la zona. En 1996, y como consecuencia de la entrada en vigor de la Ley 4/96, de 12 de Julio de 1996, de Caza de Castilla y León, las 32.682 has que integraban la primitiva Reserva adquirieron la condición de Reserva Regional de Caza. La Reserva cuenta hoy en día con un Centro de Visitantes destinado a canalizar y facilitar el uso turístico del Espacio.
La extraordinaria riqueza y diversidad de la avifauna que frecuenta la Reserva motivó la catalogación del área como Zona de Especial Protección para las Aves a partir del año 1987 (ZEPA 004). Esta medida se inscribe dentro del marco legal establecido por la Directiva 79/409/CEE, relativa a la conservación de las aves silvestres.
Por otra parte, el singular complejo lagunar de carácter salino existente dentro de la Reserva forma parte desde 1989 de la Lista de Humedales de Importancia Internacional acogidos al Convenio de Ramsar.
Humedal
Más recientemente, el desarrollo de la Ley de Espacios Naturales de Castilla y León (Ley 8/91) ha llevado aparejada la creación del Catálogo Regional de Zonas Húmedas, donde han quedado incluidas todas las lagunas de este territorio, que a corto plazo pretende ser declarado por la Administración Autonómica Espacio Natural Protegido, mediante la figura de Reserva Natural. Así mismo, la Reserva de las Lagunas de Villafáfila ha sido propuesta para formar parte de la Red Natura 2000, estructura destinada a coger las zonas de más alto valor ecológico de la Unión Europea.
